En la época preincaica, Miraflores estuvo habitado por grupos trashumantes, que en oleadas sucesivas descendieron del Altiplano. Durante el Incanato, se establece un cacicazgo, para controlar y gobernar a la población, que se encontraba diseminada en toda la pampa.
Era una pampa pobre, pues su suelo árido, sin fauna animal, escasa flora silvestre. Sin embargo, investigaciones posteriores, han establecido, que su denominación se debería, a que, durante las épocas de lluvia, las que eran abundantes, se formaban en su suelo, lagunas pequeñas, las que servían de alimento al crecimiento de varias flores silvestres, que daban flores de múltiples y abundantes colores.
El pueblo de «La pampa» como se denominaba antiguamente a Miraflores, en los siglos XVI y XVIII, estuvo aislado de la ciudad. Su población vivía en arrabales, rancherías y humildes chozas de paja. Según otros autores, allí se refugiaban los perseguidos por la justicia o los expulsados de Arequipa. Por esta razón sus pobladores eran conocidos como «Forasteros».
A fines del siglo XVI se establecieron los primeros mesones o tambos, estos últimos una especie de alojamientos u hotel, en donde dejaban sus llamas y se cobijaba a la gente que venía de puno, Cuzco u otros lugares, para hacer adquisiciones en Arequipa. Para algunos analistas, estos tambos van a servir, posteriormente, de base para el intercambio comercial, que fue intensivo.
Antiguamente, la demarcación jurisdiccional de los pueblos se hacía sobre la base de los curatos. Así se construyó el curato de Santa María, destinada a la evangelización de la población autóctona, que comprendía los ayllus de San Lázaro, Santa Isabel de Chichas y de la Pampa de Miraflores, posteriormente por desavenencias entre los pobladores de estos pueblos, se inician los trámites para la creación del Curato de San Antonio de Abad, el mismo que se avocaría a la satisfacción de las necesidades espirituales de los habitantes de la Pampa. Luego de aprobado, se elevó el templo de La Pampa a Parroquia.
El intendente Antonio Álvarez y Jiménez en 1788, deja constancia que Miraflores estaba formada por 5 filas de caseríos formados entre la iglesia de San Antonio de Abad y el pago de Azángaro, denominado también como el «Arrabal». La participación del pueblo de Miraflores, en la lucha por la Independencia del Perú, ha sido muy activa. Numerosa información que se encuentra inserta en la documentación sobre el levantamiento de Arequipa, demuestra claramente las vinculaciones de la rebelión de Túpac Amaru con Arequipa, a través de la Pampa de Miraflores en enero de 1780. Según algunos historiadores, la razón por la que se escogió dicho lugar es que parece ser que por allí se realizaba el ingreso y salida de los comerciantes, incluyendo las tropas hacia el Alto Perú, Puno y pueblos vecinos de Chiguata.
La situación de los mestizos e indios agravó al estallar al estallar la guerra entre España e Inglaterra pues se dispuso que se implantaría en las colonias, una apolítica tributaria férrea. Ante el descontento contra la autoridad colonial, el 15 de enero empezó la rebelión de Arequipa, El 17 de enero, una población considerable de indios miraflorinos, se reunieron como era de costumbre, para festejar a su patrón San Antonio de Abad, se apostaron en la calle San Pedro y en las huertas aledañas a los conventos de Santa Marta, Santa Rosa y santa Teresa. Esa noche, muchos miraflorinos murieron, otros fueron heridos y tomados prisioneros.
Los patriotas Miraflorinos: Nicolás Quispe, Bernardo Mamani, Marcelino Chuquillata, Ascencio Laguna, Simón Chaguasonco y Diego Arias, fueron ajusticiados en la tarde del 18 de enero de 1780, los cuales tienen la categoría de Próceres de la Libertad, en presencia del pueblo.
Finalmente, en la década comprendida entre 1780 y 1790, nace en Arequipa una extraordinaria generación que jugará un papel importante en la Independencia y afirmación de la Nación Peruana. Pertenecen a esta generación: Francisco de luna Pizarro, Mariano José de Arce, Mariano Alejo Álvarez, Francisco Paula de Quiroz, Benito Lazo, Mariano Melgar y otros más.
En esta época comenzó a funcionar en la Pampa de Miraflores, la «Quinta Tirado» una especie de cenáculo literario en el que participaban este grupo de jóvenes que alternaban la lectura poética con la discusión de temas políticos y revolucionarios.
Fue entre los años 1834 y 1835, durante el gobierno de Don José de Orbegoso, que se ordenó la realización de una nueva división y aprobación oficial de los curatos de Arequipa, en la cual se proponía el Curato de Miraflores, teniendo como sus límites: «Por el oriente las faldas del volcán Misti; por el occidente norte y sur la Acequia de la Mantilla, desde su toma hasta la Lloclla de San Lázaro; por el oriente los confines de Paucarpata.
En sus orígenes Miraflores comprendió dentro de su demarcación, los terrenos ubicados entre la calle Muñoz Majar y la Iglesia de Santa Marta. Esto sirve de sustento para que algunos historiadores miraflorinos sostengan, que el poeta y mártir Mariano Melgar, es miraflorino, ya que su hogar y donde fue registrado estaban dentro de los límites de este distrito.
Sin lugar a duda uno de los aspectos más controvertidos de la historia del distrito de Miraflores, es el referente a la fecha de su creación. Sin embargo, el día 21 de noviembre de cada año, se festeja el aniversario del distrito. Según los historiadores, esto se debe a que, durante el gobierno del Mariscal Don Ramón Castilla, se dieron disposiciones en las que se debía hacer una Demarcación Política del territorio del Perú por Departamentos, provincias y Distritos, es así como se crea el distrito de Miraflores, sin embargo, a pesar de haberse dado estas disposiciones, Miraflores, seguía funcionando como parte del Distrito del Cercado, sin tener autonomía propia. Es recién en el gobierno de Don Remigio Morales Bermúdez, que el 21 de noviembre de 1893, en que rectifica nuevamente los límites del distrito y establece la necesidad de elegir autoridades municipales. Es por ello, que se designa como la fecha de celebración del Distrito el 21 de noviembre de cada año.
Posteriormente, el 28 de febrero de 1941, el presidente Don Manuel Pardo y Ugarteche, firma la Ley 9360, en la que Miraflores, vuelve a anexarse al distrito del Cercado de Arequipa. Casi 15 años después de permanecer así, el gobierno de Manuel A. Odría por ley 12634 del 2 de febrero de 1956, le devuelve a Miraflores a la categoría de distrito, pero estableciendo nuevos límites.
Tal como sucede en todos los pueblos, Miraflores no sólo posee su propia idiosincrasia, sino también costumbres y tradiciones propias. Después de los dos antepenúltimos y últimos terremotos que sacudieron la ciudad de Arequipa, bajo el fenómeno social de los pueblos jóvenes nace el Pueblo Joven Unión Edificadores Misti, La Cooperativa de Vivienda Obrera Nº 14, dándose comienzo al proceso de crecimiento poblacional de la parte alta del distrito. Hoy en día Miraflores presenta un número considerable de Asentamientos Humanos nuevos que se van consolidando.
En su vida corta Miraflores, ha tenido 23 Alcaldes, que son: R.P. José María de la Tuesta , Domingo Flores, José María Muñoz Najar, José María Ercilla, Félix Casapía, Juan José Benavente, Enrique Morán, José María Jiménez, Lorenzo Núñez, Guillermo Sáenz, Juan Orihuela Meneses, Julio Postigo Cáceres, Luisa Caballero Calle, Simón Albitez Farfán, Luz Pilares Polo de Alfaro, Guillermo Arce Larrea, Raúl Rivera Arenas, José Santos Polanco, Dr. Alberto Heredia Márquez, Antonio Guevara Ramos, Eduardo Pinto Palomino, Alejandro Sáenz Chávez, Herman vela Espinoza, Hyleano Acosta Torres, Arturo Valderrama Chávez, Luis Aguirre Chávez y Germán Torres Chambi.
